Ante el escudo de la Cruz de Jerusalén que se puede ver en la solería hay una entrada a una cripta de enterramiento, rehabilitada y usada como columbario, donde se depositan las cenizas de los hermanos fallecidos que así lo hayan dispuesto.

En la cabecera de la Capilla se encuentra el retablo mayor, de estilo neoclásico, dividido en tres calles, La central está enmarcada por cuatro columnas de estilo compuesto. La zona superior del retablo está rematada por un ático. Las calles laterales presentan dos hornacinas colocadas verticalmente y coronadas por un arco de medio punto, incluyendo dos pilastras adosadas con decoración vegetal coronadas con pináculos. Su uso ha sido ininterrumpido desde su ejecución como retablo del altar mayor en la Capilla del Museo hasta hoy, que sigue sirviendo para el mismo fin por el que fue creado, siendo eje central de la capilla y telón de fondo de todos los ritos y ceremonias católicas celebradas en dicho espacio por la Hermandad. El retablo es una obra del siglo XIX, realizada tras la invasión francesa (1809-1812), momento en el que la Capilla del Museo es arrasada y expoliada, perdiéndose la mayor parte de sus bienes muebles, altares y obras de arte.

Según la documentación conservada, su fecha de ejecución debe situarse poco antes de 1828, ya que consta en el archivo de la Hermandad que ese año un pintor llamado Juan de Lizasoáin cobró 280 reales por pintar, en perspectiva, el fondo del retablo del Altar del Cristo4, por lo que suponemos que éste debió ser montado en 1827, o en los primeros meses de 1828, ya que, el referido pintor, firmó recibo el día 10 de mayo de dicho año. Este retablo, con su pintura de fondo, es el de estilo neoclásico que ha llegado hasta nuestros días, si bien en la actualidad muy reformado.

Aunque el retablo jamás ha abandonado el espacio que hoy ocupa, sí fue movido de lugar en 1986 al invertirse la orientación de la capilla, pasando de estar en el extremo noroeste de la misma, lugar que hoy es dominado por la Virgen Comendadora de la Merced (José Montes de Oca, h. 1735), a la zona suroeste, donde se encuentra actualmente presidiendo la capilla.

Las columnas que sostienen el retablo fueron enriquecidas en el año 1964, siendo añadidas las guirnaldas de la parte alta del fuste y las decoraciones vegetales en la parte baja, las cuales no fueron talladas en las columnas, sino de forma exenta para, finalmente, colocarlas sobre las mismas con posible intención de serle devuelto su aspecto original en caso necesario. En cuanto a los laterales, las dos hornacinas de cada lado donde se albergan los cuatro Evangelistas son una ampliación lateral del retablo efectuada en el año 1986, aprovechando el cambio de ubicación de este, realizadas por Manuel Guzmán y los arquitectos José Núñez Castain y Pablo García de Zúñiga Caravaca, decidiendo dotarlo de un espacio posterior que sirviera como almacén y para acceder a ciertas zonas del mismo. Momento que se aprovecha para modificar la estética del banco, añadiendo Manuel Guzmán, ya en los años 90, decoraciones en madera dorada con casetones ornamentados con hojas de acanto, roleos y veneras. Anteriormente, el retablo presentaba un banco de estética neoclásica donde se combinaban dos tonos de imitación marmórea o jaspeada con detalles dorados, siguiendo la línea del conjunto; esta franja está actualmente desaparecida.

En el año 2017 Manuel Antonio Ruiz-Berdejo Cansino recuperó la pintura de paisaje que decora el fondo del retablo sobre el que aparecen las imágenes Titulares, donde aparece la firma de Enriqueta Reina. Tradicionalmente se ha señalado a Reina como autora de la pintura, fechándola en 1899 y con la participación de Virgilio Mattoni, siendo la primera la posible encargada de intervenir la obra original a causa de un posible deterioro, momento aprovechado para firmar la obra. En el caso de Mattoni, sus pinceladas no son apreciables en el paisaje por lo que, uniendo el análisis a la falta de documentación que mencione a este pintor, se podría concluir que su mano no modificó la obra en momento alguno. La autoría de la pintura podría estar en la mano de Lizasoáin en 1828 con la posterior intervención de dicha pintora en 1899. Ésta fue tapada posteriormente con una tela de damasco de color rojo, permaneciendo así hasta la recuperación citada.

En la línea de continuar con el proceso iniciado en 2017 por Ruiz-Berdejo, éste hizo una nueva intervención sobre el retablo mayor de la Capilla del Museo en el año 2023, consistente, fundamentalmente, en la limpieza y consolidación  estructural del conjunto del retablo, la eliminación de repintes devolviendo a la obra su aspecto original y la decoración de las calles laterales siguiendo como modelo la decoración del conjunto central. Fruto de este trabajo es la imagen que actualmente brinda el retablo.

En el banco del retablo mayor, a los pies de la Virgen de las Aguas, se encuentra el Sagrario, diseñado por Manuel Guzmán Bejarano y realizado en plata por Juan Borrero en 1982, con esculturillas de Rafael Barbudo que representan a San Pascual Bailón, a Santa María Micaela del Santísimo Sacramento y la Ascensión del Señor en el ático.

En las calles laterales del retablo se disponen los cuatro Evangelistas, que tallara Francisco Antonio Ruiz Gijón entre 1682 y 1689. Todos ellos llevan, además de sus respectivos atributos: San Juan (Águila), San Lucas (Toro), San Marcos (León) y San Mateo (Hombre/ángel), una pluma y un libro, a excepción de San Lucas que lleva un pergamino. Están considerados como verdaderas obras maestras del barroco sevillano, tanto por lo atrevido y perfección de su talla como por su policromía.

Siguiendo el sentido de las agujas del reloj vamos a recorrer los distintos altares que se disponen en la Capilla. A la derecha encontramos un altar obra del siglo XVII, aunque ha sufrido muchas transformaciones. En la hornacina principal se venera una espléndida imagen manierista de Cristo atado a la columna, que fue realizado entre 1583 y 1585 atribuido a Jerónimo Hernández. En el banco del retablo hay una pequeña hornacina donde se encuentra una Virgen Dolorosa de candelero del XIX.

A continuación, se encuentra un retablo realizado a mediados del siglo XVIII, que alberga a Nuestra Señora del Rosario, atribuida a Jerónimo Hernández, tallada sobre el año 1577. Virgen sedente, en sus brazos la figura de Jesús Niño portando una Cruz. En la pequeña hornacina del banco del retablo hay una pequeña figura de un Nazareno, es una imagen de vestir atribuida a Montes de Oca.

Siguiendo el recorrido aparece el retablo de San Ramón Nonato. El busto está atribuido al afamado imaginero Juan de Mesa (Siglo XVII). Debe su nombre a que su nacimiento se produjo después de haber fallecido su madre. Viste el hábito blanco de la Orden Mercedaria, sobre el cual lleva la esclavina color púrpura propia de su condición cardenalicia; porta un ostensorio o custodia en la mano derecha, y en la izquierda la palma con tres coronas (castidad, elocuencia y martirio) que distinguen a los mártires de la fe. Cuenta la leyenda que San Ramón Nonato fue hecho cautivo y, aun así, continuó predicando el evangelio. Para impedirlo le abrieron agujeros en sus labios para colocarle un candado y cerrar su boca. La Hermandad siempre ha estado ligada a la Orden Mercedaria, que fue fundada por San Pedro Nolasco para el rescate de los cautivos cristianos que eran apresados y llevados al norte de África. Mantiene gran devoción por ser el santo patrón de los partos, parteras, niños y las embarazadas.

Le sigue, sobre una repisa, una imagen de tamaño académico de Santa Lucía, con la palma en una mano (símbolo del martirio) y en la otra la bandeja con sus ojos. Es obra anónima del siglo XVIII.

Bajo el coro de la Capilla, sobre un frontal de azulejería trianera renacentista y datado en 1626, se levanta la portentosa escultura barroca de Nuestra Señora de la Merced sentada sobre un sillón de coro. Majestuosa, señorial, presenta los ropajes tallados y decorados con ricos estofados, con túnica, escapulario y manto abrochado con el escudo mercedario. Sostiene en su mano izquierda el Libro de las Horas, y la derecha la apoya sobre el pecho. Está atribuida con mucho fundamento a José Montes de Oca, y fechada sobre el año de 1730. Su iconografía representa una antigua tradición mercedaria que narra cómo San Pedro Nolasco y sus monjes se retrasaron en su obligación de acudir al coro, pues se quedó dormido el encargado de hacer sonar la campana que los convocaba habitualmente al rezo de las horas en el templo conventual. Cuando llegaron se encontraron a los ángeles ocupando sus respectivos sitiales y a la Virgen presidiendo el Coro y dirigiendo el oficio de maitines. Es por ello que, desde entonces, se la tuvo como La Comendadora, portando en su mano el libro de Horas. En el caso de esta talla sevillana, fue también conocida, popularmente, como la Virgen del Rayo por haber salido indemne tras una terrible tormenta que destrozó el Coro de la Iglesia conventual.

Siguiendo el sentido de las agujas del reloj encontramos la imagen de San Lorenzo, representado como es costumbre con el instrumento de su martirio, una parrilla. Es una obra anónima del barroco sevillano, fechable en el siglo XVIII.

Finalmente, cercana al altar mayor, en el seno de la hornacina abierta en el muro, destaca el magnífico grupo escultórico en que se representa a Santa Ana con la Virgen Niña, talla de madera policromada atribuida a Benito Hita y Castillo sobre el año de 1750.

Sobre los muros, se exponen varios cuadros de temática religiosa. Sin embargo, en el terreno pictórico, no podemos contemplar lo que fuera la joya de la Capilla, el imponente lienzo debido a Bartolomé Esteban Murillo en el que se representa la Resurrección del Señor, cuando expoliado por el Mariscal Soult durante la invasión francesa en 1811, llevado a Madrid donde, tras la victoria española, quedó depositado en la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando. Así mismo, fue expoliado otro cuadro —también propiedad de esta Hermandad de la Sagrada Expiración—, debido al pincel del pintor sevillano Francisco Varela, que representaba la Oración en el Huerto.

Existen otras obras artísticas de orfebrería, bordado, talla, etc. que forman parte de los enseres de esta Archicofradía del Lunes Santo sevillano, que el resto del año permanecen expuestas en las vitrinas existentes en las dependencias anexas a la Capilla.